Por décadas los gobiernos de Puerto Rico y Estados Unidos acumularon información sobre personas y organizaciones relacionadas con el movimiento independentista en Puerto Rico. De esas acciones surgió el material de las carpetas, descubiertas mediante una denuncia a finales de la década de los ochenta y por la cual también ocurrieron grandes desgracias en las muertes de varios jóvenes militantes de ese tipo de organizaciones.

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Entre las muertes que se vinculan con esas gestiones están las de Santiago "Chagui" Mari Pesquer, hijo del líder independentista Juan Mari Bras y Carlos Muñiz Varela, cubano criado en Puerto Rico, y fundador de la Agencia Viajes Varadero, que facilitaba viajes a cubanos que deseaban visitar sus familiares en Cuba. Aunque los asesinatos ocurrieron hace más de veinte años, no se ha acusado a nadie al momento, asunto que tanto el movimiento independentista como los familiares de los asesinados, han criticado con vehemencia.

A partir del Freedom of Information Act, el gobierno de los Estados Unidos ha admitido tener conocimiento sobre información útil para continuar la investigación y procesar a los culpables. A tales fines, de dar a conocer esta información, a fines de que se procese a los culpables, la senadora por el Partido Independentista Puertorriqueño, María de Lourdes Santiago, radicó una resolución para solicitar al Presidente de los Estados Unidos, Barack Hussein Obama, al Director del Buró Federal de Investigaciones (Federal Bureau of Investigation, FBI), James B. Corney y al Fiscal General de los Estados Unidos (Attorney General of the United States), Eric H. Holder Jr., la desclasificación de los nombres de los sospechosos y personas de interés del asesinato de Carlos Muñiz Varela y Santiago «Chagui» Mari Pesquera y cualquier otra información que no se haya revelado públicamente.

Los documentos del FBI desclasificados recientemente, según una nota de abril pasado, apuntan a la existencia de un expediente independiente sobre el caso que no han reconocido en peticiones de acceso a información del Comité de Amigos y Familiares de Carlos Muñiz Varela.

En varios de ellos con fechas del verano de 1979, la dirección del Negociado de Investigaciones Federales (FBI) ordena a la oficina de San Juan no incluir en los resúmenes de los memorandos sobre la Coordinadora de Organizaciones Revolucionarias Unidas (CORU), un grupo que han descrito como una "organización terrorista anti-Castro" y vinculado consecuentemente al caso de Muñiz Varela, detalles referentes a la investigación del empresario cubano.

Otra información apunta a que existen documentos que confirman planes que existieron para dar muerte al ya fallecido líder independentista Juan Mari Bras.